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UnityでJavaを使ったAndroidプラグインの作り方について、いまいちまとまった情報がないので、要点のみまとめ。あとで追記とかはするかもしれない。
とりあえず２つのケースを想定すれば良いと思う。

1. Androidとは関係なく単純にJavaクラスをUnityスクリプトから利用したい場合
   例えば何かのパーサだったりとか、手持ちの便利ライブラリがJavaであるとか。これはAssets/Plugins/Androidに該当の.jarファイルを置けばOK（.dexでなく.classで良い）。その上で、Assets/Pluginsとかに置いたスクリプトから、new AndroidJavaClass(“Javaクラス名”)とかnew AndroidJavaObject(“Javaクラス名”)とかすればOK。それぞれJavaのクラス型およびインスタンス型に対応し、そこからメソッドを呼ぶ事ができる。（詳細はUnityのリファレンスを見ると良い。インスタンス変数、メンバ変数の取得、クラスメソッド、インスタンスメソッドなど行うことができる）

1. Pluginを通じてAndroid OSの機能を利用する場合
   Android OSの色んな機能を使うときにはContextオブジェクトを使う訳だけど、これはUnityアプリの場合、ランタイムであるUnityPlayerActivityが持っていることになるので、まずはプラグインのJavaクラスをUnityPlayerActivityを継承したActivityにする必要がある。class MyUnityPlayerActivity extends UnityPlayerAcitvityこんな感じ。
   この中のメソッドは普通のAndroidJavaクラスとして作れば良い。

   その上で、Unityアプリの起動クラスをこのUnityPlayerActivityを継承したMyUnityPlayerActivityにする必要がある。これはAndroidManifest.xmlファイルのカスタマイズのやり方を使う。つまり.jarファイルと同様に、Assets/Plugins/Androidのフォルダに、MyUnityPlayerActivityクラスを起動Activityに設定したAndroidManifest.xmlファイルを置く。そうするとAndroidバイナリのビルド時にこちらを使うようになってくれる。ちなみにUnityのPlayer Settingsで設定したアプリアイコンを使うには、android:iconを@drawable/app_iconに変更する必要があることに注意。

   尚、このAndroidManifest.xmlを置き換えるやり方は独自のpermissionやActivityを追加したりするときにも使う。

   あとは１と同様にAndroidJavaClassおよびAndroidObjectを利用してプラグインを利用するスクリプトを書けば良い。独自の注意として、Activityは直接newできないのでMyUnityPlayerActivityにpublic static な MyUnityPlayerActivityを変数として持っておいて（onCreate時にMyUnityPlayerActivity.instance = thisとかやる）、そのうえでUnityスクリプト側からaAndroidJavaClass.GetStatic<AndroidJavaObject>(“instance”)みたいにすればActivityインスタンスを直接取ることができる。