Mac（El Capitan）のTime Machine用の外部ディスクが不調になってしまったので、ディスク修復を試みました。
アプリケーション＞ディスクユーティリティ＞First Aid
をまずは試みたのですが途中で中断されてしまうので。fsckコマンドを試す。
外部ディスクにfsckをかけるには、以下のようにします。
$ sudo fsck_hfs -fy /dev/disk1s2
fsck_hfsはHFSファイルシステムに対する修復で、-fでジャーナル機能が有効になっているボリュームにも修復を強制するようです。ディスクによりdisk1s2の部分は変わりますが、これはディスクユーティリティの情報で確認できるのでそれに応じて変更すれば良いと思います。
参考：http://superuser.com/questions/503759/how-to-run-fsck-on-an-external-drive-with-os-x
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